Giáo sư Lê Văn Cường tốt nghiệp Bác sĩ y khoa Trường Đại học Y Dược Tp.HCM năm 1979, chuyên ngành Giải phẫu. Năm 1991, ông lấy bằng Tiến sĩ, sau đó ông được đề cử là Giảng viên cao cấp Bộ môn giải phẫu Trường Đại học Y Dược Tp.HCM. Từ năm 1998, ông là Phó chủ nhiệm bộ môn Ngoại của Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch. Năm 2004, ông còn là Trưởng phòng Nghiên cứu khoa học của Đại học Y Dược Tp.HCM. Năm 2013, ông được phong Giáo sư y khoa.
Ngoài công việc Giảng dạy giải phẫu, Giáo sư Lê Văn Cường còn tham gia trong chuyên môn khám chữa bệnh Ngoại khoa tại các bệnh viện lớn như Bệnh viện Bình Dân, Bệnh viện Đại học Y Dược Tp.HCM. Tại đây ông đã đảm nhiệm công việc hướng dẫn lâm sàng cho sinh viên y khoa, ông cũng là Giáo sư hướng dẫn cho nghiên cứu sinh y khoa và các nội trú sau đại học của các Trường Y khoa hay các bệnh viện lớn trong TP.HCM và trong nước.
Với sự tận tụy nghiên cứu khoa học, Giáo sư Lê Văn Cường đã được nhiều giải thưởng cao từ những công trình nghiên cứu có giá trị cấp nhà nước như công trình ứng dụng tiến bộ khoa học công nghệ trong chẩn đoán và điều trị sớm bệnh sỏi mật năm 2006, hay đề tài cấp bộ trong nghiên cứu thành phần hóa học của sỏi thận, sỏi mật và các yếu tố liên quan năm 1999. Giáo sư Lê Văn Cường cũng là chủ biên của 5 bộ sách Giải phẫu, 4 bộ sách bài giảng Ngoại khoa và tham gia biên soạn nhiều sách trong ngành giải phẫu và ngoại khoa.
Ngày 15/04/2024 Hội đồng Trường Đại học Phan Châu Trinh ký Quyết định bổ nhiệm GS.TS.BS Lê Văn Cường đảm nhiệm vị trí Hiệu trưởng trường Đại học Phan Châu Trinh nhiệm kỳ 2021 - 2026.